Первым использовать кляксы в живописи начал в XVIII веке английский художник-акварелист А. Козенс, который разбрызгивал краску по поверхности, а затем дописывал элементы картины, чтобы получился воображаемый пейзаж. Козенс считал этот приём полезным для развития воображения и технической изобретательности. Отдельные случаи применения приёма случались и до Козенса, у Плиния Старшего есть анекдот о художнике Протогене, который бросал в стену окрашенную губку, пытаясь реалистически изобразить вылетающую из собачьей пасти слюну. Растирание пальцами клякс использовалось художниками для изобразительного оформления набросков, по мнению К. А. Богданова, это были зачатки перехода от реализма к абстракционизму, импрессионизму и ташизму. Термин «кляксография» придумал Ю. Кернер, который в 1857 году выпустил одноимённую книгу стихов с иллюстрациями, выполненными на основе клякс. В русской культуре использование клякс для создания креолизованных текстов связано с именем А. М. Ремизова.

В искусстве (как и в психологии) обычно используют зеркальносимметричные кляксы: капнув краски на бумагу, её на короткое время складывают вдвое, прижимая окрашенные поверхности друг к другу.

В советском искусстве кляксы ассоциировались с чуждым абстракционизмом. Так, в мультфильме 1962 года «Случай с художником» художник-абстракционист попадает в мир пятен и клякс и, выжив, становится реалистом.